府依規定辦理全週期生態檢核外，並已設置水環境改善計畫專案審查小組，強化生態保育措施之實質審核，降低計畫推動對生態影響。
水利署表示，全國水環境改善計畫全面性要求每一個子項計畫都必須辦理生態檢核及民眾參與的政府公共建設計畫，審查過程中廣邀生態、環境等各領域專家學者協助審查，並將審查意見列表回應及追蹤，要求執行單位確實落實，另於執行前針對生態疑慮計畫優先提送水環境改善計畫專案審查小組針對生態保育措施審查，後續維護棲地與保育生態列為評定核列案件及考核督導的重點項目。
水利署指出，苗栗縣大安溪案係由苗栗縣政府提報委由卓蘭鎮公所執行，因執行完成仍有生態疑慮，如溝渠三面光不利動物利用等，水利署已主動請苗栗縣政府儘速檢討，研擬縮小、減輕、補償或廻避等改善措施，該府邀請保育團體及設計團隊等研商生態保育改善措施，所需經費優先納入全國水環境改善計畫辦理，該府表示將於今年底前完成改善，期能達棲地改善並兼顧水環境改善目標。
後續水利署除在制度面上檢討改進，並強化事前評估外，亦邀請專家學者進行實地訪查考核，加強全面盤點執行中生態保育措施，針對生態疑慮採取必要之補償及回復措施，以達計畫能兼顧生態資源、保護動物重要棲地。