北農扮演全臺果菜批發市場領頭羊角色，肩負大臺北地區逾600萬民眾的蔬果消費需求與食用安全，於108年9月21日起率先啟用新式質譜化學快檢法抽驗批發市場蔬果，利用高精密度質譜儀及快速篩檢技術，可精準檢驗出目前臺灣常見農藥，且立即攔截銷毀，防止超標農產品外流。
北農強調，相較法定農殘留檢驗方法(化學法)需3至5天才能得出檢驗結果，農委會藥物毒物試驗所研發的質譜快檢法僅需15至20分鐘，快速且正確率高達97%。自108年至今年12月28日止，北農在批發市場、校園營養午餐、供應連鎖超市、團膳餐廰與北農嚴選門市，以及代客(承銷業者、農民產地等)累計快檢達3萬8千多件，估計第三台質譜儀加入運作後，每日檢驗量將可增加27%，每年檢驗的件數將可增加4千多件，進一步為學童、消費者的食安更嚴格把關。
為落實源頭管控，北農還全面推動實施「供應人實名制」，所有進入批發市場的供應人必須提供身分證字號，確保每一件蔬果都可追溯到生產者，若有不合格產品，公司於拍賣前攔下銷毀，並依供應人管理要點處以停供處分，立即通報農政單位，加強輔導供應單位(人)安全用藥。實名制上路至今，已達百分之百目標，建置累計18萬餘筆供應人資料。